Se déroulant après les événements du premier épisode, le scénario nous propose de contrer un dangereux nano-virus appelé DeFrag libéré dans l’atmosphère de Jericho City suite au lancement de la fusée Utopia de CREO. Le héros du jeu, devenu amnésique après le crash de son avion, va alors devoir tout faire pour empêcher cette menace d’annihiler une cité en proie au chaos, aux machines devenues folles et meurtrières, ainsi qu’à des habitants peu scrupuleux.