Dans Yakuza 6, Kazuma Kiryu enquête sur une série de sombres événements impliquant les personnes qui lui sont chères. Il découvrira au long de cette aventure ce que les gens sont prêts à sacrifier pour le clan, que les liens soient de loyauté ou de sang. Le visage buriné par trois longues années de prison, Kiryu apprend à sa libération qu'Haruka, sa fille adoptive, a disparu de son orphelinat. Une piste le conduit à un quartier qu'il connaît comme sa poche : Kamurocho. Il y découvre non seulement qu'Haruka a été renversée par une voiture et est plongée dans le coma, mais aussi qu'elle a eu un fils, qu'il doit maintenant prendre sous son aile. Accompagné de l'enfant, Kiryu se rend à la ville côtière d'Onomichi, à Hiroshima, pour lever le voile sur Haruka et son fils et percer un sombre secret gardé par les yakuzas de la région.