Lara Croft est une étudiante britannique de 21 ans. Elle part pour sa première expédition avec un groupe d'amis et collègues (Liam, Steph, Grim, Victor, Conrad Roth, Samantha Nishimura, Reyes, Dr. Whitman, Jonah et Alex) à bord de l'Endurance, un navire d'exploration moderne. Persuadée que le Royaume perdu de Yamatai, autrefois gouverné par la légendaire Reine solaire Himiko, se trouve quelque part dans le « Triangle du Dragon », une zone au sud du Japon connue pour ses violentes tempêtes, Lara convainc le capitaine du navire d'en prendre le cap. Mais pris dans une de ces fameuses tempêtes, le bateau s'échoue sur une île où Lara est capturée par un homme fou qui la ligote dans la caverne qui lui sert de refuge.