Sam Fisher est un ex-agent secret qui travaillait pour une branche spéciale de la NSA : Échelon 3. Après avoir perdu sa fille, Sarah, dans un accident de voiture, Sam infiltra une organisation terroriste en tant qu'agent double. Cela se termina mal : malgré la dissolution de l'organisation et l'élimination du chef par Sam, ce dernier fut traqué par le gouvernement américain. Depuis quelques années, Sam fait cavalier seul, bien déterminé à retrouver l'assassin de son enfant.