En 2023, les meurtres politiques propagés par des drones de la firme du milliardaire Jace Skell se multiplient. Après que tout contact ait été perdu avec Auroa, île fictive abritant le siège de Skell Technology, les Ghosts sont envoyés sur l’île. Cette simple mission de reconnaissance menée par le joueur se transforme en véritable mission de survie lorsque l’unité est prise d’assaut par les Wolves, d’anciens Ghosts menés par Cole D. Walker et pris le contrôle de l’île.