Les agents Fox Mulder et Dana Scully sont portés disparus dans d'étranges circonstances. Craig Willmore, un agent du FBI, est chargé de l'enquête par le directeur adjoint Skinner. Aidé par ses contacts et ses collègues, il s'apercevra que l'affaire va en réalité beaucoup plus loin qu'il ne le pensait.