La porte vers le monde des Minishs ne s’ouvre que tous les 100 ans. Lors de la fête qui précède l'ouverture de la porte, Vaati lance un sort à la princesse Zelda qui la transforme en statue de pierre. Durant ces événements, Link, l'ami d'enfance de la princesse est présent et décide de tout faire pour sauver Zelda. Plus tard, Link rencontre Exelo un chapeau qui doit sa forme à Vaati, son apprenti, qui lui a dérobé un chapeau qui exauce les vœux de son porteur, et qui décide d'aider Link dans sa quête.