Link est un jeune garçon vivant dans la forêt Kokiri, village peuplé uniquement d'enfants. Un jour l'arbre Mojo, l'esprit protecteur de la forêt et père des Kokiris, le convoque par l'intermédiaire d'une fée dont le doux prénom est Navi. Il explique à Link qu'il doit lever une malédiction qui le ronge de l'intérieur. Link y pénètre et vainc une araignée géante, Gohma. L'arbre Mojo explique alors à l'enfant qu'un vil cavalier du désert, Ganondorf, désire s'emparer de la Triforce, seul vestige de la fondation d'Hyrule composé de trois triangles d'or qui lui permettraient de voir ses vœux exaucés et ainsi de semer le chaos. Il lui faudrait néanmoins pour ce faire ouvrir le Saint Royaume au moyen de trois pierres ancestrales. Il lui confie alors une de ces pierres, l'émeraude Kokiri, et lui demande de rencontrer la princesse Zelda pour l'aider dans sa quête, avant de mourir frappé par la malédiction jetée par Ganondorf.