Quelques mois sont passés depuis les évènements survenus durant Ocarina of Time, et depuis, Link chevauche Epona et arpente sans succès la forêt d'Hyrule à la recherche de son amie, la fée Navi. Cependant, Skull Kid, un lutin affublé d'un étrange masque et accompagné de ses fées Taya et Taël, effraie sa monture, le désarçonne, puis, alors qu'il est inconscient après cette chute, lui dérobe l'Ocarina du temps et Epona. Ce masque est une relique ancienne dotée de certains pouvoirs maléfiques. Link les suit dans une grotte sombre, où il tombe dans un immense trou, et affronte Skull Kid, qui se moque de lui et lui jette un sort qui le transforme en Peste Mojo. Skull Kid et Taël s'échappent, laissant fortuitement derrière eux Taya, qui insiste et convainc Link d'accepter son aide, dans le but de les retrouver. Link parvient jusqu'à Termina, et rencontre le vendeur de masques, qui lui supplie de retrouver le masque que Skull Kid lui a dérobé, le masque de Majora, lui promettant de lui rendre son apparence initiale