Les deux mondes, Sylvarant et Tethe'alla, sont parvenus à être réunifiés afin de rentrer dans une nouvelle ère de prospérité. Toutefois, les conséquences ont pris une tournure déconcertante depuis l'unification. Pendant les deux ans qui suivent, les peuples de Sylvarant méprisent contre les peuples de Tethe'alla pour des raisons culturelles. Un groupe d'organisation de Vanguard on était formé dans le but de soulever contre l'agissement de l'Eglise Martel et les Tethe'allien. C'est pourquoi la ville de Palmacosta est victime d'un incendie provoqué par l'Eglise de Martel, d'innombrables habitants sont consumés dans les flammes et d'autres ont été tué par les mains de Lloyd Irving, et parmi eux se trouvent les parents d'Emil et ce dernier. Après un évènement bouleversant, Emil sera accueilli par son oncle et sa tante à Luin. Un peu plus tard, le jeune héros se lie d'amitié avec Marta, une jeune fille qui est traquée par les Vanguard. Ils feront ensuite la rencontre de Tenebrea un mystérieux esprit de Ratatosk, qui se dit d'être un Centurion. Emil conclu un pacte avec Tenebrea pour enrôler son titre de Chevalier Ratatosk, et partent en aventure à travers le monde en retrouvant les autres Centurions afin de rétablir l'équilibre du monde.