Alors que Mario s'apprête à profiter de vacances paisibles sur l'île Delfino avec Peach, Papy Champi et les Toads, ils découvrent une île polluée et salie par des graffitis. À cause de cette pollution, les soleils (Shines sprites) ont disparu, ce qui plonge l'île dans l'ombre. Mario est arrêté car un criminel a, sous son apparence, saccagé l'île en peignant des graffiti un peu partout. Mario est jugé et reconnu coupable. Il est alors condamné à nettoyer les dégâts et à rétablir la tranquillité sur l'île sous peine de ne jamais en repartir. Pour la nettoyer, Mario est aidé par J.E.T., un canon à eau en forme de sac à dos.