Le jeu commence avec Mario, qui arrive au Château de Bowser pour sauver la Princesse Peach. Pendant l'affrontement entre Mario et Bowser, une épée géante venue des cieux s'écrase sur le château, éjectant Mario, Bowser et la Princesse Peach dans les environs, et dispersant sept étoiles. Mario se rend au Royaume Champignon, où le chancelier Champignon insiste pour que Mario retourne à la recherche de la princesse et découvre la raison de l'arrivée de l'épée géante. En quittant le château de la princesse, Mario rencontre Mallow, un têtard qui s'est fait dérober une pièce Frog par Croco, un voleur local. Afin de mettre un terme aux pleurs de Mallow et à la pluie battante, Mario accepte de l'aider, mais quand ils retournent ensemble au château, ils constatent que le royaume est envahi par des créatures affirmant appartenir au Smithy Gang.