Krystal, une jeune renarde, entre dans un temple sacré à la suite d'un appel de détresse et libère un des esprits Krazoas protecteurs de la planète ; mais, pour une raison inconnue, elle se retrouve piégée dans un diamant au sommet du temple. Huit ans après avoir vaincu Andross, l'équipe Star Fox est envoyée sur Dinosaur Planet afin de renverser un tyran qui y fait régner la terreur. Fox, envoyé seul sur le terrain, devra réunir les quatre pierres élémentaires et libérer tous les esprits Krazoas pour sauver Krystal et empêcher la destruction de la planète, et, à échéance, celle du système Lylat tout entier.