Star Ocean : Blue Sphere se déroule 2 ans après Star Ocean : The Second Story et la défaite des 10 Sages. Tous les personnages ont depuis poursuivi leur vie. Claude a emmené Rena, Léon et Précis vivre sur Terre avec lui. Ashton, Céline, Dias, Noel, Chisato et Bowman vivent toujours sur Planet Expel. Ernest et Opera partent à la chasse au trésor lorsque leur vaisseau s'écrase sur Planet Edifice. Opera parvient à envoyer un S.O.S. à Precis, qui rassemble ensuite tout le gang (sans Claude et Rena, qui sont en mission de la Fédération) dans son vaisseau auto construit et se dirige vers la planète. Ils sont également mystérieusement entraînés à travers l'atmosphère de la planète et s'écrasent. Ils décident d'explorer leur environnement et de rechercher leurs camarades disparus, espérant que Claude et Rena les sauveront, mais eux aussi s'écrasent sur Edifice plus tard dans le jeu.