Le jeu se déroule 4 ans après les événements de SoulCalibur. Le grand massacre qui avait terrorisé l'Europe s'arrête d'une façon subite. Le chevalier à l'armure azur, Nightmare, et ses sbires ont réussi à collecter assez d'âmes, sous l'influence maléfique de Soul Edge, et étaient prêts à commencer la cérémonie à Ostreinsburg. À peine la cérémonie commencée, trois jeunes guerriers attaquent le royaume. Après un intense combat, Nightmare perd, mais l'âme maléfique à l'intérieur de Soul Edge envoie les trois jeunes guerriers dans un vortex.Alors que SoulCalibur, l'épée des esprits, devient une menace de plus en plus grande aux yeux de Soul Edge, cette dernière se met en tête de rassembler ses fragments manquants, éparpillés à travers le monde, afin de recouvrer sa pleine puissance et, ainsi, détruire SoulCalibur.