Un tourbillon bleu atterrit près de la flotte intergalactique de combat et s'élança vers la foteresse de Dr. Eggman en détruisant tout sur son chemin. Juste avant la confrontation finale, Sonic se servit du pouvoir des Chaos Emeralds pour se transformer en Super Sonic et détruire la machine de Dr. Eggman. Sonic était loin de se douter qu'il fonçait tout droit dans le piège le plus machiavélique jamais tendu par le Dr. Eggman. Un puissant champ magnétique l'encercla, le destituant ainsi de ses pouvoirs de Super Sonic et, par la même occasion, lui fit perde les précieuses Chaos Emeralds. Dr. Eggman se doutait bien que Sonic se transformerait avant de le rencontrer et avait prévu de lui voler les Chaos Emeralds à ce moment-là. Aux commandes de son tableau de bord, Dr. Eggman inversa la polarité des Chaos Emeralds, libèrent ainsi leur énergie négative en un rayon puissant qu'il lança en direction de la planète.