Se déroulant de nombreuses années après la fin de Risen, des titans déchaînés ont dévasté le monde et poussé l'humanité au bord de l’extinction. Par la suite, des créatures monstrueuses sont sorties des profondeurs des mers et leurs attaques ont mis fin à toute vie marine. Le héros, désormais membre de l’Inquisition, a été envoyé pour trouver un moyen d’arrêter ce chaos causé par ces créatures des profondeurs.Sa quête commence par des rumeurs prétendant que les pirates des îles du sud sont les seuls à connaître un moyen de se débarrasser une fois pour toutes de ces créatures et de leur règne de terreur.