Après avoir été témoin des phénomènes surnaturels sur l'île du Yamataï, Lara Croft comprend désormais le but des recherches de son père et poursuit les travaux de ce dernier qui avait consacré sa vie à la recherche de la vie éternelle. Richard Croft était sur le point de faire une grande découverte sur l’immortalité de l’âme grâce à la Source Divine, puissante relique pouvant conférer l'immortalité. Malgré les mises en garde de sa belle mère Ana, Lara est déterminée et obstinée à poursuivre son objectif en quête de réponses.