Le professeur Layton et son assistant Luke se rendent au petit village de Saint-Mystère à la demande de Dahlia Reinhold, deuxième femme de feu le baron Reinhold, qui souhaite leur aide pour résoudre une énigme laissée par son défunt époux. Le baron avait écrit dans son testament que quiconque retrouverait la Pomme d'Or, cachée dans le village, hériterait de toute sa fortune.Les deux investigateurs parviennent aux abords de la ville et constatent rapidement que la majorité des habitants est passionnée d'énigmes et de casse-tête en tout genre, desquels le professeur et le jeune garçon sont aussi férus. Ils peuvent également voir au loin une mystérieuse tour située au centre du village...