Prince of Persia débute dans un coin de désert perdu où le prince, personnage principal, est pris dans une tempête à la recherche de Farah, son âne. En déboulant une falaise, qu'il n'a pas vue et qui nous démontre ses talents acrobatiques, il fait la connaissance d'une femme dotée de pouvoirs magiques uniques nommée Elika. Poursuivie par son père, elle tente de rejoindre un temple servant de prison au dieu des ténèbres, Arhiman.