Peu après son transfert au lycée Gekkoukan, le (ou la) protagoniste découvre l'existence de « l'Heure sombre ». Un calme surnaturel engloutit alors la ville, les habitants se transforment en cercueils sinistres et d'indicibles monstres appelés Ombres envahissent les lieux. C'est dans cette situation désespérée que s'éveille le pouvoir du cœur : sa Persona. Fort de ce pouvoir nouveau, il part découvrir la vérité sur l'Heure sombre et le destin qui l'attend.