Bien que Sigma 2 possède du contenu supplémentaire qui n'est pas présent dans Ninja Gaiden II, une grande quantité de contenu a également été retiré du jeu, ou altéré. Avec le mode mission d'équipe, où deux joueurs peuvent jouer ensemble dans le gameplay coopératif, le second protagoniste peut être contrôlé par l'ordinateur s'il n'y a pas de partenaire humain, ou si le joueur est hors ligne. En mode Histoire, le scoring Karma est supprimé et maintenant uniquement disponible au défi chapitre. Les tests de valeur ont également été supprimés, dispersant les récompenses à travers les chapitres de Ryu4. Presque tout le sang a été retiré. Une brume pourpre jaillit maintenant des ennemis, avec une réduction des éclaboussures de sang. Les parties de corps démembrés ne reposent plus sur le sol, elles disparaissent5. De plus, les cinématiques ont été altérées pour supprimer les effets de mutilations, de dissections et de sang. Dans la version japonaise de Sigma 2 le joueur peut uniquement décapiter les monstres et les non-humains. Même le menu de pause et l'écran du game over sont de couleur bleue à la place du rouge pour illustrer ce changement. Il est intégré dans une version améliorée dans Ninja Gaiden : Master Collection.