Dans Neptunia : Sisters VS Sisters, vous incarnez les aspirantes au statut de déesse, menées par Nepgear, qui s'éveillent après deux longues années de sommeil pour découvrir que Gamindustri a été renversée par la menace du phénomène Trendi. Pendant leur absence, les habitants de Gamindustri (alors incapables de quitter leur foyer à cause des monstres qui rôdent dehors) se sont mis à utiliser un nouvel appareil, le rPhone, pour communiquer entre eux. Vous devez à présent travailler main dans la main avec vos amis (qu'ils soient nouveaux ou de longue date) pour empêcher la destruction du Gamindustri que nous connaissons !