Kronika, gardienne du Temps et du Destin, mêle passé et futur afin de rétablir l'équilibre que Dark Raiden a chamboulé, ce dernier étant corrompu malgré lui suite aux événements du précédent opus. Ainsi se retrouveront ou se combattront les champions du passé et du futur, tandis que le Raiden du passé tente de percer à jour les véritables motivations de Kronika.La destinée de chacun des Kombattants est sur le point de changer, mais à quel prix ?