En 1995, un groupe de mercenaires provoque une crise en Afrique du Sud en érigeant une place forte, la forteresse « Outer Heaven ». D'après le renseignement, Outer Heaven abrite le développement d'une nouvelle arme qui pourrait menacer l'équilibre des forces de dissuasion nucléaire. L'unité des forces spéciales Fox Hound est chargée d'intervenir afin de trouver des informations sur cette arme. Son meilleur agent, Gray Fox est envoyé en mission d'infiltration à Outer Heaven mais tout contact est rompu après un dernier message : « Metal Gear... ». Fox Hound fait appel à une nouvelle recrue, Solid Snake, pour enquêter sur la disparition de Gray Fox et la mystérieuse arme.