L'histoire se déroule en 1964, durant la guerre froide. Le joueur incarne Naked Snake, un soldat d'élite de l'unité Fox qui deviendra par la suite le futur Big Boss. Sa mission est de libérer Sokolov, un ingénieur soviétique de génie. Il sera conseillé dans sa quête par Major Zero, ancien membre du SAS, Para-Medic l'experte en soins et nutrition et enfin Sigint, expert en armement. L'ancien maître de Snake, The Boss est passée du côté ennemi et a reconstitué son ancienne unité, l'Unité Cobra regroupant des soldats aux pouvoirs surnaturels. Snake doit donc aller libérer Sokolov, emprisonné dans une base de Volgin. Il doit être aidé dans cette tâche par ADAM, un agent spécial se trouvant dans cette base.