Le jeu se déroule en 1974, L'action se situe au Costa Rica, avec Big Boss comme protagoniste. Lorsqu'une force militaire inconnue fait passer des ogives nucléaires non autorisées au Costa Rica, la nation sans armée doit se tourner vers l'armée mercenaire de Big Boss, qui donnera un jour naissance à Outer Heaven. Pour ce faire, une utilisation du célèbre Metal Gear est indispensable, ceci permettra de mettre le monde aux pieds des occupants cubains.