En 2018, quatre ans après la chute des Patriotes, Raiden travaille désormais pour une Société de Sécurité Militaire Privée appelée « Maverick Security Consulting ». Alors que le monde est censé s’être sorti de ces conflits civils, il subit de nouvelles attaques provenant de groupuscules robotisés. Un puissant cyborg, Samuel Rodriguez, dit "Sam", parvient même à assassiner le Premier ministre N'Mani qui était escorté et sous la protection de Raiden en Afrique. Sam accuse Raiden de n’être qu’un hypocrite assoiffé de sang et tente de l’assassiner à son tour. Rapidement, une enquête révèle que Sam travaille pour une SMP dénommée « Desperado Enforcement LLC » qui a entamé l’invasion de la capitale de la République d’Abkhazie, où se mêlent les intérêts américano-russes. On demande à la société Maverick Security d’envoyer une force militaire pour permettre une libération sans concession de la capitale. Raiden, alors doté d'un nouveau corps reprend du service et prépare sa revanche.