L'histoire se déroule en 1999, à Zanzibar Land, une nation d'Asie centrale contrôlé par un groupe de mercenaires. Dans un contexte de crise énergétique mondiale, le biologiste Kio Marv, inventeur de OILIX, une algue qui promet de révolutionner l'industrie pétrolière, est enlevé et fait prisonnier dans une place forte à Zanzibar. Le colonel Roy Campbell, commandant de l'unité de forces spéciales Fox Hound, rappelle Solid Snake au service pour aller délivrer le scientifique.