L'histoire de Lightning Returns se déroule 500 ans après Final Fantasy XIII-2 dans un monde baptisé Nova Chrysalia, composé de quatre régions totalement nouvelles. Selon les créateurs, le scénario de cette conclusion est directement inspiré de l'horloge de la fin du monde. Bhunivelze est un dieu ayant confié à Lightning la mission de sauver le plus d'âmes possible en 13 jours, pour les guider vers le nouveau monde qu'il compte mettre en place. Si elle échoue, le monde sera détruit. Elle sera assistée par Hope Estheim, un ami de longue date qui l'aidera à effectuer sa mission. Au cours de sa route sur les différents continents dans lequel elle voyagera, elle rencontrera ses compagnons et sera parfois obligée de les affronter pour les faire revenir à la raison, après qu'ils auront abandonné tout espoir de vivre dans un monde serein depuis les événements de XIII-2. Tout au long du voyage, sa mission sera perturbée par l'étrange Lumina qui semble en savoir beaucoup sur elle et sa sœur.