Knuckles protège Carnival Island, un parc d’attractions high-tech. Dr. Robtonik y va afin de s'emparer des Anneaux du Chaos qui confèrent toute l'énergie de l'île avec l'aide de Metal Sonic, dans le but de l'utiliser pour ses noirs desseins. Dr. Robotnik piège Vector le Crocodile, Charmy l'abeille, et Mighty le Tatou, qui visitaient alors l'île, dans le Combi Confiner (une machine de Robotnik construite pour les figer dans le temps) et il est sur le point de capturer Espio le Caméléon quand Knuckles le met en déroute. Knuckles découvre ensuite qu'il peut sauver un de ses amis à la fois grâce au pouvoir des Anneaux Célestes , qui relie les deux partenaires ensemble comme un élastique. Tous les personnages (plus Heavy le Robot et Bomb la Bombe) vont alors travailler ensemble pour sauver Carnival Island de Robotnik.