Jet Set Radio prend place dans la mégalopole de Tokyo-to, une version de Tokyo ancrée dans les années 90, divisée en trois zones. Shibuya-chō est un quartier commerçant situé au sud de la ville, basé sur l'arrondissement de Shibuya. On y trouve une gare routière, des avenues et des rues commerçantes organisées autour d'un carrefour rappelant le Shibuya Crossing. À l'est se situe Kogane-chō, une zone portuaire et industrielle inspirée de l'île artificielle de Tsuki-shima. Les niveaux s'y déroulent au crépuscule, et les personnages peuvent y parcourir des quartiers résidentiels denses, une friche industrielle et les égouts de la ville. À l'ouest, le district vivant de Benten-chō est basé sur Kabukichō, quartier chaud de Shinjuku. Éclairés aux néons, ces quartiers d'affaires sont reliés aux quartiers chinois par des chemins de fer et une ligne de métro.