À la fin du premier opus, Kessler nous dévoile par une vision du futur l'arrivée d'une terrible créature, « La Bête » (Némésis), et que Cole MacGrath lui seul est capable de vaincre. Mais pour cela, il doit acquérir plus de pouvoirs. Il fait la connaissance de Lucy Kuo qui lui demande de l'accompagner à New Marais pour rencontrer le professeur Sébastien Wolf qui détient les pouvoirs nécessaires pour la vaincre. Il s'y rend avec son ami Zeke et l'agent Kuo mais avant que le bateau ne parte, Cole voit une créature gigantesque et comprend que c'est trop tard : « La Bête » est déjà là. Il l'affronte mais prend une raclée et retourne au bateau en voyant Empire City en ruine. Il navigue alors vers la ville de New Marais. Mais là-bas, il va se faire de nouveaux ennemis comme la Milice, Joseph Bertrand III et les hommes de glace. Il va aussi rencontrer de nouveaux porteurs.