Il y a longtemps, le roi démon Ganondorf fut vaincu par une réincarnation du Héros légendaire et son âme fut brisée en quatre fragments. Trois d'entre eux furent scellés à travers le temps et l'espace, tandis que le dernier fut scellé par l'épée de légende. Même dans cet état, Ganondorf fomenta sa résurrection, dans le but de conquérir Hyrule une fois de plus. La sorcière Cya, gardienne de l'équilibre de la Triforce, fascinée par l'esprit du Héros légendaire, fut influencée par Ganondorf, au point de perdre toute part de lumière en elle. Cya ouvrit la porte des âmes, rassembla une armée de monstres et, avec ses subordonnés Volga et Iscerro, se mit à attaquer le château d'Hyrule.