Après avoir vaincu Arès, Kratos est devenu le nouveau Dieu de la guerre. Haïssant les dieux au plus haut point après qu'ils aient ruiné sa vie (L'enlèvement de sa mère et son frère ainsi que leur mort; la mort de sa femme et sa fille; la fausse promesse des dieux d'effacer ses souvenirs douloureux), Kratos avait trouvé une nouvelle famille auprès des guerriers Spartiates. Ces derniers, soutenus par leur nouveau dieu, écrasaient de plus en plus de cités. Cependant à chaque nouvelle ville détruite, la colère des dieux grandissait.Le jeu commence lorsque Kratos s'apprête à porter en personne le coup final à la cité de Rhodes. C'est alors que Zeus, craignant de subir le même destin qu'Arès, trompa Kratos et put ainsi lui retirer tous ses pouvoirs grâce à la lame de l'Olympe qu'il avait jadis forgée pour gagner la guerre contre les Titans. Une fois le Colosse de Rhodes animé par Zeus vaincu, celui-ci apparaît devant Kratos, affaibli et grièvement blessé. Le roi des Dieux prend alors la lame de l'Olympe et tue Kratos, qui jure vengeance contre les dieux. Alors que le Spartiate est emmené aux Enfers, Gaïa lui apparaît en songe, et lui offre une opportunité de revanche, que Kratos accepte.