Deux années ont passé depuis les événements de Final Fantasy X marquant la fin de l'ère de Sin et le début de l’Éternelle Félicité. Tidus, après ce combat, a disparu. Après le choc lié à la disparition si subite de son amant, Yuna retourne à Besaid vivre chez elle et devient connue à travers Spira comme la seule Grande Invokeure à avoir survécu. Deux ans plus tard, elle visionne une vidéosphère trouvée par Rikku, sur laquelle elle voit une personne ressemblant à Tidus quelque part dans une cage. Devenue une femme forte et combative, Yuna quitte sa retraite pour rejoindre le clan des Albatros, un groupe de chasseurs de sphères mené par Frangin, le frère de Rikku. Le but avoué de cette entreprise est de résoudre toutes sortes de problèmes en accomplissant différentes missions, lesquelles mènent plus ou moins à la quête principale, la recherche de Tidus.