Le jeu se déroule dans un futur proche, en l’année 2025, dans la ville fictive de Fairport aux Etats Unis. Le joueur incarne un soldat d’élite répondant au pseudonyme de « Point Man » et appartenant au First Encounter Assault Recon (F.E.A.R.), une unité spéciale dirigée par un certain Rowdy Betters. Il fait équipe avec deux autres membres de l’unité : Jin Sun-Kwon et Spencer Jankowski. L’histoire débute lorsque Paxton Fettel, un homme appartenant à un programme de recherche nommé Origin et développé par l’entreprise Armacham Technology Corporation (ATC), prend le contrôle par télépathie d’une armée de soldats clonés surentraînés et lourdement armés : les « Réplicas ». Le F.E.A.R. est donc rapidement sollicité pour régler au plus vite et discrètement le problème.