L'histoire se déroule lors d'une sortie scolaire d'été. Le personnage principal, Takuma Momozuka, et ses deux amis du lycée, Aoi Shibuya et Minoru Hyuga, se rendent dans un tristement célèbre sanctuaire pour en apprendre plus sur la mystérieuse légende des Kemonogami. Tandis qu'ils explorent le sanctuaire, Takuma rencontre un monstre rose - Koromon. Avant qu'ils puissent devenir familiers, un cri perçant rempli l'espace. En se précipitant vers les bruits, Takuma et Koromon croisent un groupe de montres attaquant les camarades de classe de Takuma. Pendant que Takuma essaye de les sauver, Koromon se transforme en Agumon et ensemble, ils réussissent à faire fuir les monstres. Bien que cette menace soit écartée, ils se rendent rapidement compte qu'ils sont loin d'être en sécurité se retrouvant transportés dans un étrange nouveau monde. Tandis qu’ils luttent pour rentrer chez eux et quitter ce monde animé où décisions difficiles et combats mortels s’enchaînent, les choix que font les joueurs tout au long du jeu auront un impact sur l'évolution de leurs alliés monstres et sur la fin de l’histoire.