Le joueur incarne les personnages de Takumi Aiba ou Ami Aiba, deux pirates informatiques amateurs. Ils reçoivent un objet appelé Digimon Capture lors d'une discussion sur le web, qui leur permet de capturer et de se lier d'amitié avec des digimon, des créatures résidant dans un monde appelé Cyberspace Eden dans lequel les humains peuvent y entrer physiquement. Après avoir accédés à ce monde, ils sont attaqués par une entité appelée Eater qui transforme leur corps à moitié « numérisés », et découvrent qu'ils peuvent alterner entre le monde réel et le digimonde à l'aide de terminaux. Ils font la rencontre d'une femme appelée Kyoko Kuremi, directrice de la Kuremi Detective Agency, qui les recrute dans sa société.