L'histoire se passe quelques années avant le premier épisode où l'on voit un Dante plus jeune et plus fougueux qu'avant. Son frère jumeau Vergil veut rouvrir les portes du monde des démons afin de récupérer la toute-puissance de son père Sparda. À ses côtés, Arkham, un humain au passé obscur pouvant maîtriser quelques pouvoirs démoniaques. Il est celui qui "invitera" Dante à rejoindre son frère au sommet du Temen-Ni-Gru (tour géante ayant surgi du sol, qui a autrefois permis à Sparda de sceller la porte du monde inférieur). Dante doit retrouver son frère et l'empêcher de briser le sceau de Sparda. Durant son exploration du Temen-ni-Gru, il croisera la route d'une jeune chasseuse de démons qu'il baptisera Lady. Les différents avec la version originale sont la possibilité de jouer avec le frère jumeau de Dante, Vergil et d'affronter un nouveau boss, Jester.. Une option turbo augmentant la vitesse du jeu de 20 % ainsi qu'un nouveau système de continus permettant de reprendre à l'endroit exact où l'on a été tué si l'on dispose d'orbs en or.