Nous sommes en 2052, dans un futur cyberpunk. Le joueur incarne l'agent JC Denton, l'un des premiers humains au corps rempli de millions de nanorobots qui lui confèrent des capacités supérieures. Fraîchement intégré au sein de l'UNATCO, une agence antiterroriste internationale sous l'égide de l'Organisation des Nations unies (ONU), JC découvre rapidement que la question du terrorisme est bien plus complexe que ce qu'on veut lui faire croire.Il se retrouve au centre d'une conspiration politique mondiale mêlant de nombreuses organisations secrètes où les desseins de chacun ne se révèlent que progressivement.