Deadly Premonition : The Director's Cut s’ouvre sur la découverte du corps d’une jeune femme, assassinée et abandonnée en pleine nature, et retrouvée par les habitants de la petite ville de Greenvale. L’agent spécial du FBI Francis York Morgan est alors dépêché sur place pour mener les investigations en collaboration avec les forces de l’ordre locales. Mais alors qu’il arrive aux abords de la ville, son véhicule fait une embardée, et notre jeune agent du FBI se retrouve seul et sans moyen de communication. L’agent York se résigne donc à emprunter le chemin forestier avoisinant la ville pour atteindre Greenvale, où l’attend déjà le shérif. Ainsi commence son cauchemar.