Le précédent tournoi de Dead or alive 2 avait permis à Ryu Hayabusa de mettre un terme aux agissements de Tengu. Malheureusement, Tengu réussit à détruire une bonne partie du monde. Cette destruction planétaire a produit un épais nuage de poussière emprisonnant toute la planète dans une ombre noire. Pendant ce temps, la DOATEC est devenue incontrôlable, se transformant en un champ de bataille attirant tous les assoiffés de pouvoir. À ce moment, leur département de recherche, une véritable forteresse de technologie militaire avancée, est devenue le théâtre de la réussite d'un génie. Après la réussite des projets Alpha et Epsilon, Donovan a acheté le projet Oméga, visant à produire un surhomme. Le fruit de sa création a été appelé Genra. Ce surhomme a été dans le passé chef de Hajin Mon Ninja avant de devenir un monstre. Cette "chose" est une force unique et inconnue jusqu'alors.