L'histoire se déroule à New York, au cœur d'un bâtiment appelé l'Ancienne Maison qui abrite une agence secrète — le Bureau Fédéral du Contrôle — qui est attaquée par le Hiss, une entité surnaturelle et hostile qui prend possession des employés. Le joueur incarne Jesse Faden, qui tente de reprendre le contrôle de la situation et retrouver son frère Dylan, enlevé par ladite agence il y a 17 ans dans la petite ville d'Ordinary. Alors qu'elle s'empare du révolver appartenant à l'ancien directeur, Jesse devient, bien malgré elle, directrice. Par la suite, elle obtiendra divers pouvoirs télékynésiques6. Équipée de sa nouvelle arme, Jesse va devoir résoudre divers situations dans l'Ancienne Maison tout en se débarrassant des ennemis possédés par le Hiss.