Cinq ans avant les évènements de Batman: Arkham Asylum. Batman est apparu dans les rues de Gotham City depuis deux ans, entraîné et ayant affronté plusieurs brigands mais connaissant encore mal les grands criminels de la ville. La police ne sait toujours pas si elle doit le considérer comme une aide humaine ou une légende urbaine. La veille de Noël, Batman intervient au pénitencier de Blackgate pour une tentative d'évasion massive organisée par Black Mask, qui assassine le commissaire Loeb avant de fuir.