Au début du jeu, le joueur apparaît sous la forme d'un esprit au héros du jeu, Kalas, juste avant qu’il ne s'évanouisse, et se lie spirituellement à lui. Le joueur devient alors son Ange gardien. Kalas se réveille dans un hôpital de campagne à Sadal Suud. Il est rapidement rejoint par Xelha. Ensemble, ils libèrent sans le vouloir le premier des cinq Magnus ultimes, qui est rapidement saisi par l'Empire d'Alfard. Tous deux vont à Diadem où ils rencontrent Gibari et Lyude. Ils apprennent que l’Empire cherche les Magnus ultimes et que chacun d'entre eux renferme une partie du corps de Malpercio. Kalas, Xelha, Gibari et Lyude trouvent le Magnus de Diadem, mais l’Empire le leur vole. Ils vont ensuite à Anuénué pour trouver le prochain Magnus ultime. Une fois là-bas, ils sont confrontés à Geldoblame, et rencontrent Savyna. Ils trouvent ensuite un nouveau Magnus ultime, qu’ils se font à nouveau voler par l’Empire. Ils vont alors à Mira, où ils rencontrent Mizuti. Puis ils sont arrêtés pour l'enlèvement de Mélodia, et perdent leur unique Magnus ultime.