Deux années se sont écoulées depuis la défaite de la sorcière Gruntilda dans Banjo-Kazooie des œuvres de l'ours Banjo et de l'oiseau Kazooie. Depuis ce jour et sa chute du haut de sa tour, elle demeure coincée sous un rocher dans la Montagne Perchée et la paix est revenue. Mais un soir, alors que le temps est à l'orage et que les deux héros, encore inconscients du futur danger qui pèse sur leurs têtes, jouent bien au chaud au poker en compagnie de Bottles la taupe et du shaman Mumbo Jumbo dans la maison de Banjo, un tremblement de terre vient troubler leur tranquillité. Celui-ci a été provoqué par la foreuse de Mingella et Blobbelda, les deux sœurs de Gruntilda, décidées à délivrer cette dernière de sa prison de pierre.