Banjo-Kazooie se déroule dans un univers composé de la montagne spirale d'une part, et d'autre part de la tanière de Gruntilda, qui donne accès à neuf mondes ; chacun d'entre eux présente un thème particulier, comme l'Égypte, une île avec un phare, un vieux cargo et son port, des décors inquiétants, un manoir hanté et son jardin labyrinthique, ou un passage d'un univers chaud à un univers froid, du désert à la neige.