Dans la Montagne Spirale, 8 années se sont écoulées après les événements de Banjo-Tooie, les deux compères Banjo et Kazooie sont dehors, tranquilles, en train de s'occuper lorsque soudain la tête de Gruntilda sort et décide de se battre contre eux. Lors du commencement, une espèce de robot interrompt la situation, il s'agit du Seigneur Absolu des Jeux vidéo, abrégé SAJ, qui les teste dans une course lors de laquelle Banjo maintenant obèse échoue. Après son échec, Banjo et Kazooie reprennent leur poids normal tandis que Gruntilda retrouve son corps robotisé. Le SAJ offre à Grunty et à Banjo chacun un véhicule de style futuriste, il leur demande de se rendre à Duelville pour effectuer des mini-jeux afin de récupérer des notes de musique et des pièces de puzzle, l'aventure peut commencer.