Trois ans se sont écoulés depuis la grande aventure secrète de Ryza sur l'Île de Kurken. Ryza, la seule de son groupe à être restée sur l'île, reçoit une lettre de son ami évoquant des ruines qui pourraient avoir un lien avec l'alchimie, ainsi qu'une mystérieuse demande impliquant une pierre brillante. Cela la pousse à quitter l'île pour se rendre dans la capitale, Ashra-am Baird. Ce que Ryza ignore, c'est qu'elle s'embarque dans une nouvelle aventure imaginative pendant laquelle elle cherchera à percer les mystères des ruines entourant la capitale et fera la rencontre d'une étrange créature qui changera sa vie.